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Este tutorial destina-se a ser uma introdução ao trabalho com o PyMongoArrow. O tutorial pressupõe que o leitor esteja familiarizado com os termosbásicos PyMongo e conceitos do MongoDB .
Pré-requisitos
Verifique se você tem a distribuição PyMongoArrow instalada. Na shell do Python, o seguinte deve ser executado sem gerar uma exceção:
import pymongoarrow as pma
Este tutorial também pressupõe que uma instância MongoDB esteja sendo executada no host e na porta padrão. Depois de baixar e instalar o MongoDB, você pode iniciá-lo conforme mostrado no exemplo de código a seguir:
$ mongod
Estendendo o PyMongo
O módulo pymongoarrow.monkey
fornece uma interface para corrigir o PyMongo e adicionar a funcionalidade do PyMongoArrow diretamente às instâncias Collection
:
from pymongoarrow.monkey import patch_all patch_all()
Após executar o método monkey.patch_all()
, as novas instâncias da classe Collection
conterão as APIs do PyMongoArrow-- por exemplo, o método pymongoarrow.api.find_pandas_all()
.
Observação
Você também pode usar qualquer uma das APIs do PyMongoArrow importando-as do módulo pymongoarrow.api
. Se fizer isso, você deverá passar a instância do Collection
na qual a operação deve ser executada como o primeiro argumento ao chamar o método de API.
Dados de teste
O seguinte código usa o PyMongo para adicionar dados de amostra ao seu cluster:
from datetime import datetime from pymongo import MongoClient client = MongoClient() client.db.data.insert_many([ {'_id': 1, 'amount': 21, 'last_updated': datetime(2020, 12, 10, 1, 3, 1), 'account': {'name': 'Customer1', 'account_number': 1}, 'txns': ['A']}, {'_id': 2, 'amount': 16, 'last_updated': datetime(2020, 7, 23, 6, 7, 11), 'account': {'name': 'Customer2', 'account_number': 2}, 'txns': ['A', 'B']}, {'_id': 3, 'amount': 3, 'last_updated': datetime(2021, 3, 10, 18, 43, 9), 'account': {'name': 'Customer3', 'account_number': 3}, 'txns': ['A', 'B', 'C']}, {'_id': 4, 'amount': 0, 'last_updated': datetime(2021, 2, 25, 3, 50, 31), 'account': {'name': 'Customer4', 'account_number': 4}, 'txns': ['A', 'B', 'C', 'D']}])
Definindo o esquema
O PyMongoArrow depende de um esquema de dados para organizar conjuntos de resultados de query em formato tabular. If you don't provide this schema, PyMongoArrow infers one from the data. Você pode definir o esquema criando um objeto Schema
e mapeando os nomes dos campos para especificadores de tipo, conforme mostrado no exemplo a seguir:
from pymongoarrow.api import Schema schema = Schema({'_id': int, 'amount': float, 'last_updated': datetime})
O MongoDB usa documentos incorporados para representar dados aninhados. O PyMongoArrow oferece suporte de primeira classe para estes documentos:
schema = Schema({'_id': int, 'amount': float, 'account': { 'name': str, 'account_number': int}})
O PyMongoArrow também suporta listas e listas aninhadas:
from pyarrow import list_, string schema = Schema({'txns': list_(string())}) polars_df = client.db.data.find_polars_all({'amount': {'$gt': 0}}, schema=schema)
Dica
O PyMongoArrow inclui vários identificadores de tipo permitidos para cada tipo de BSON suportado. Para obter uma lista completa desses tipos de dados e seus identificadores de tipo associados, consulte Tipos de dados.
Encontrar operações
O seguinte exemplo de código mostra como carregar todos os registros que têm um valor diferente de zero para o campo amount
como um objeto pandas.DataFrame
:
df = client.db.data.find_pandas_all({'amount': {'$gt': 0}}, schema=schema)
Você também pode carregar o mesmo conjunto de resultados que uma instância do pyarrow.Table
:
arrow_table = client.db.data.find_arrow_all({'amount': {'$gt': 0}}, schema=schema)
Ou como uma instância polars.DataFrame
:
df = client.db.data.find_polars_all({'amount': {'$gt': 0}}, schema=schema)
Ou como um objeto NumPy arrays
:
ndarrays = client.db.data.find_numpy_all({'amount': {'$gt': 0}}, schema=schema)
Ao usar o NumPy, o valor retornado é um dicionário onde as chaves são nomes de campos e os valores são as instâncias numpy.ndarray
correspondentes.
Observação
Em todos os exemplos anteriores, você pode omitir o esquema como mostrado no exemplo a seguir:
arrow_table = client.db.data.find_arrow_all({'amount': {'$gt': 0}})
Se você omitir o esquema, o PyMongoArrow tentará aplicar automaticamente um esquema com base nos dados contidos no primeiro lote.
Operações agregadas
A execução de uma operação agregada é semelhante à execução de uma operação de busca, mas é necessária uma sequência de operações para ser executada.
O seguinte é um exemplo simples do método aggregate_pandas_all()
que gera um novo dataframe no qual todos os valores _id
são agrupados e seus valores amount
somados:
df = client.db.data.aggregate_pandas_all([{'$group': {'_id': None, 'total_amount': { '$sum': '$amount' }}}])
Você também pode executar operações agregadas em documentos incorporados. O exemplo a seguir desenrola os valores no campo txn
aninhado, conta o número de cada valor e retorna os resultados como uma lista de objetos NumPy ndarray
, classificados em ordem decrescente:
pipeline = [{'$unwind': '$txns'}, {'$group': {'_id': '$txns', 'count': {'$sum': 1}}}, {'$sort': {"count": -1}}] ndarrays = client.db.data.aggregate_numpy_all(pipeline)
Dica
Para obter mais informações sobre pipelines de agregação, consulte a documentação doMongoDB Server .
Escrevendo no MongoDB
Você pode utilizar o método write()
para gravar objetos dos seguintes tipos no MongoDB:
Seta
Table
Pandas
DataFrame
NumPy
ndarray
Áries
DataFrame
from pymongoarrow.api import write from pymongo import MongoClient coll = MongoClient().db.my_collection write(coll, df) write(coll, arrow_table) write(coll, ndarrays)
Observação
As matrizes NumPy são especificadas como dict[str, ndarray]
.
Ignore Empty Values
O método write()
aceita opcionalmente um parâmetro booleano exclude_none
. Se você definir este parâmetro como True
, o driver não gravará valores vazios no banco de banco de dados. Se você definir esse parâmetro como False
ou deixá-lo em branco, o driver gravará None
para cada campo vazio.
O código no exemplo a seguir escreve uma seta Table
para o MongoDB duas vezes. Um dos valores no campo 'b'
está definido como None
.
A primeira chamada para o método write()
omite o parâmetro exclude_none
, então o padrão é False
. Todos os valores em Table
, incluindo None
, são gravados no banco de banco de dados. A segunda chamada para o método write()
define exclude_none
como True
, portanto, o valor vazio no campo 'b'
é ignorado.
data_a = [1, 2, 3] data_b = [1, None, 3] data = Table.from_pydict( { "a": data_a, "b": data_b, }, ) coll.drop() write(coll, data) col_data = list(coll.find({})) coll.drop() write(coll, data, exclude_none=True) col_data_exclude_none = list(coll.find({})) print(col_data) print(col_data_exclude_none)
{'_id': ObjectId('...'), 'a': 1, 'b': 1} {'_id': ObjectId('...'), 'a': 2, 'b': None} {'_id': ObjectId('...'), 'a': 3, 'b': 3} {'_id': ObjectId('...'), 'a': 1, 'b': 1} {'_id': ObjectId('...'), 'a': 2} {'_id': ObjectId('...'), 'a': 3, 'b': 3}
Escrevendo para outros formatos
Depois que os conjuntos de resultados forem carregados, você poderá escrevê-los em qualquer formato suportado pelo pacote.
Por exemplo, para gravar a tabela referenciada pela variável arrow_table
em um arquivo Parquet denominado example.parquet
, execute o seguinte código:
import pyarrow.parquet as pq pq.write_table(arrow_table, 'example.parquet')
O Pandas também suporta a gravação de instâncias do DataFrame
em uma variedade de formatos, incluindo CSV e alta definição. Para escrever o período de dados referenciado pela variável df
em um arquivo CSV denominado out.csv
, execute o seguinte código:
df.to_csv('out.csv', index=False)
A Polars API é uma mistura dos dois exemplos anteriores:
import polars as pl df = pl.DataFrame({"foo": [1, 2, 3, 4, 5]}) df.write_parquet('example.parquet')
Observação
Os dados aninhados são suportados para operações de leitura e escrita em parquet, mas não são bem suportados pelo Arrow ou Pandas para operações de leitura e escrita CSV.